जाकिर हुसैन का जन्म हैदराबाद राज्य में मध्य भारत में हुआ था। वह पंजाब का एक पश्तून मुसलमान था जो खेसगी और अफरीदी जनजाति से था। वे पहली बार 19वीं शताब्दी में दक्कन में जाने से पहले संयुक्त प्रांत में मलिहाबाद में बस गए थे। जब जाकिर हुसैन एक युवा लड़का था, तो उसका परिवार हैदराबाद से क़ाइमगंज चला गया। यहीं वह बड़ा हुआ, और इसी तरह वह फर्रुखाबाद जिले के कायमगंज से अधिक निकटता से जुड़ा रहा।

जाकिर जाकिर हुसैन सात पुत्रों में से दूसरे थे। बहुत से, वास्तव में, उनके परिवार के अधिकांश सदस्यों ने भारत के विभाजन पर पाकिस्तान को गले लगाने का विकल्प चुना। उनके भाई महमूद हुसैन विभाजन से कई साल पहले पाकिस्तान आन्दोलन में शामिल हो गए थे और जिन्ना की मुस्लिम लीग का एक प्रमुख प्रकाश इस हद तक था कि उन्हें पाकिस्तान की संविधान सभा का सदस्य बनाया गया था। 1951 से शुरू होकर, उन्होंने एक महत्वपूर्ण समय में पाकिस्तान के शिक्षा मंत्री और कश्मीर मामलों के मंत्री के रूप में कार्य किया। जाकिर हुसैन के भतीजे, अनवर हुसैन, पाकिस्तान टेलीविजन निगम के निदेशक के रूप में सेवा करते थे। एक चचेरे भाई, रहीमुद्दीन खान, पाकिस्तान सेना के अध्यक्ष संयुक्त कर्मचारी समिति और बलूचिस्तान और सिंध के राज्यपाल के रूप में कार्य करते थे।

जाकिर हुसैन के परिजनों ने, जिन्होंने भारत में रहना चुना, कांग्रेस पार्टी के संरक्षण में खुद के लिए भी उतना ही अच्छा प्रदर्शन किया, जितना जाकिर हुसैन के पहले और बाद में, दोनों ने ही ज़मीन के सबसे शीर्ष कार्यालय को संभालने के लिए किया। उनके छोटे भाई यूसुफ हुसैन अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय के प्रो-वाइस-चांसलर बने, जबकि उनके भतीजे, मसूद जाकिर हुसैन, जामिया मिलिया इस्लामिया के उप-कुलपति थे। जाकिर हुसैन के अपने दामाद खुर्शीद आलम खान ने कई वर्षों तक कर्नाटक के राज्यपाल के रूप में कार्य किया और उनके पोते, सलमान खुर्शीद, जो कि कांग्रेस पार्टी के राजनीतिज्ञ थे, मनमोहन सिंह के अधीन भारत के विदेश मंत्री थे। जाकिर हुसैन के पिता फिदा हुसैन खान, दस वर्ष की आयु में मर गए थे, चौदह वर्ष की आयु में उनकी माता की मृत्यु हो गई। जाकिर हुसैन की प्रारंभिक प्राथमिक शिक्षा हैदराबाद में पूरी हुई, उन्होंने इस्लामिया हाई स्कूल, इटावा से हाई स्कूल की पढ़ाई पूरी की और फिर क्रिश्चियन डिग्री कॉलेज, लखनऊ विश्वविद्यालय से अर्थशास्त्र में स्नातक किया। स्नातक स्तर की पढ़ाई के बाद, वह मुहम्मद एंग्लो-ओरिएंटल कॉलेज में चले गए, फिर इलाहाबाद विश्वविद्यालय से जुड़े, जहां वे एक प्रमुख छात्र नेता थे। उन्होंने 1926 में बर्लिन विश्वविद्यालय से अर्थशास्त्र में डॉक्टरेट की उपाधि प्राप्त की। 1915 में, 18 साल की उम्र में, उन्होंने शाहजहाँ बेगम से शादी की और उनकी दो बेटियाँ, सईदा खान और साफिया रहमान थीं।

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