फिल्मीं परिवार से होने के बावजूद फरहान ने कभी भी बॉलीवुड में स्थापित होने के लिए अपने पिता या माँ का सहारा नहीं लिया. फराहन ने अपने करियर की शुरुआत महज 17 वर्ष की उम्र में बतौर सहायक निर्देशक कर दी थी थीं , इसके बाद उन्होंने अपने बचपन के दोस्त रितेश सिधवानी के साथ मिलकर अपने प्रोडक्शन हाउस एक्सल एंटरटेनमेंट का निर्माण किया.

अख्तर ने अपने निर्देशन का डेब्यू फिल्म 'दिल चाहता है' से किया. फिल्म को आलोचकों की काफी साथ ही कई अवार्ड्स नॉमिनेशन भी मिले. फराह की पहली निर्देशित फिल्म का लेखन उनके पिता जावेद अख्तर ने किया था. इसके बाद अख्तर ने 1986 में आई अमिताभ बच्चन स्टारर फिल्म डॉन का रीमेक बनाया, जिसमे शाहरुख़ खान ने भूमिका निभायी थी. यह फिल्म उस साल की सफल फिल्मों में से एक फिल्म थीं , इसी फिल्म से फरहान अख्तर को बॉलीवुड में पहचान मिली.

इसके बाद उन्होंने एक्टिंग में किस्मत आजमाई और एक्सल एंटरटेनमेंट निर्मित फिल्म 'रॉक ऑन' से अख्तर ने अपना बॉलीवुड डेब्यू किया. इस फिल्म में अख्तर ने गायकी का भी भरपूर उपयोग किया. फरहान को फिल्म रॉक ऑन के नेशनल अवार्ड से भी सम्मानित किया था. फरहान अख्तर की प्रसिद्ध फिल्में : दिल चाहता है, रॉक ऑन जिन्दगीं ना मिलेगी दोबारा, दिल धड़कने दो, मिल्खा सिंह, कार्तिक कॉलिंग कार्तिक, डॉन, शादी के साइड इफेक्ट्स, तलाश, फुकरे, लक बाय चांस, रॉक ऑन 2, रईस और वजीर है.

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