इसबगोल कई प्रकार के स्वास्थ्य लाभों से जुड़ा है इसलिए इसे इस्तेमाल करने के दौरान हम इस तथ्य को नजरअंदाज कर देते हैं कि जरूरत से ज्यादा या अनुचित तरीके से इसबगोल के इस्तेमाल से कई प्रकार के दुष्प्रभाव भी हो सकते हैं. 

इसबगोल दवा को सतह पर ही सोख लेता है ऐसा गैस्ट्रोइंटेस्टिनल पथ या छोटी आंत में रक्त के अवशोषण को कम करने के कारण होता है. नतीजतन, दवा का प्रभाव कम हो जाता है. यह दावा एस्पिरिन के लिए सच है, लेकिन यह माना जाता है इसबगोल अन्य दवाओं के अवशोषण में हस्तक्षेप करता है. 

इसबगोल फाइबर से भरपूर होता है, इसलिए कब्ज और अन्य गैस्ट्रोइंटेस्टिनल समस्याओं से ग्रस्त लोगों को इसबगोल लेने की सलाह दी जाती है. लेकिन फाइबर का बहुत ज्यादा सेवन गैस के कारण पेट में सूजन की समस्या पैदा कर सकता है. ऐसा पेट की गैस को गैस्ट्रोइंटेस्टिनल पथ से मलाशय में पारित होने में समस्या होने के कारण होता है. 

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