विटामिन और मिनरल के लाभ के साथ ही कुछ नुकसान भी हैं. विटामिन और मिनरल सप्लीमेंट (Vitamin and minerals Suppliments) लेने से पहले चिकित्सक से परामर्श लेना बेहद जरूरी है. विटामिन और मिनरल के कुछ तत्व ऐसे हैं जो यदि लंबे समय तक शरीर में रहें तो शरीर के कई हिस्सों को नुकसान पहुंचा सकते हैं.
विटामिन सी की 100 मिलीग्राम से ज्यादा मात्रा लेने पर पेट दर्द, डायरिया तथा अन्य पाचन संबंधी परेशानियां हो सकती हैं. वहीं फॉस्फोरस से ऊतक और शरीर के कई अंगों को नुकसान होने की संभावना रहती है जबकि जिंक से शरीर की रोग प्रतिरोधक क्षमता (immunity) पर असर पड़ता है.
रोजाना 10 मिलीग्राम से ज्यादा विटामिन बी की मात्रा भी इतना नुकसान देती है कि व्यक्ति को लकवा (paralise) भी हो सकता है वहीं मैगनीज से बड़ी उम्र में मांसपेशियां प्रभावित हो जाती हैं.